Mərkəzi Nəbatat Bağında ətraf mühitin mühafizəsi, yaşıllıqların artırılması və qorunması istiqamətində aparılan işlər daim diqqət mərkəzində saxlanılır. Qeyd edək ki, bu işlər çərçivəsində yerin üst qatının 30-80 sm dərinlikdə yumşaldılaraq əkin üçün yararlı hala salınır. Qidalı təbəqəsi az olan torpaqlar dayaz, çox olanlar isə dərin şumlanır. Eyni zamanda alaq otları ilə mübarizədə aqrotexniki, mexaniki və kimyəvi tədbirlərdən istifadə olunur ki, bunlardan aqrotexniki mübarizə tədbirləri ən səmərəli üsul hesab edilir. Torpağa tətbiq edilən bütün aqrotexniki tədbirlər düzgün riayət edildiyi üçün alaq otlarının ziyanı minimuma enir. Qeyd edək ki, Mərkəzi Nəbatat Bağında torpaqların münbitliyinin artırılması, ağac və kol bitkilərinin inkişafı, yaşıllıqların qorunub saxlanılması işləri sistemli şəkildə həyata keçirilir.