Bağın əməkdaşları Qafqazda Biomüxtəlifliyin Mühafizəsinə dair həyata keçirilən layihələr çərçivəsində ABŞ-ın Misssuri Nəbatat Bağı ilə (2006-2009), Berlin Nəbatat Bağı və Nəbatat Muzeyi ilə (2009-2012), İngiltərənin Millenium Toxum Bankı ilə (2012-ci ildən başlayaraq) birgə layihələrin iştirakçısı olmuşdur.

2014-cü ildə Meşə, Qar və Landşaft Tədqiqatları üzrə İsveçrə Federal İnstitutunun (WSL) Dendroekologiya qrupu ilə;

Batumi Nəbatat Bağı(2017-ci ildə) ilə əməkdaşlıq haqqında memorandum imzalanmışdır.

Qazaxıstanın Cezqazqan Nəbatat Bağı(2015-ci ildə) ilə əməkdaşlıq haqqında memorandum imzalanmışdır.

Qazaxıstanın Manqışlaq Nəbatat Bağı(2018-ci ildə) ilə əməkdaşlıq haqqında memorandum imzalanmışdır.

Mərkəzi Nəbatat Bağı müxtəlif təşkilatlarla toxum mübadiləsi üzrə beynəlxalq əməkdaşlıq edir. 2016-cı ildə Bağ dünyanın müxtəlif ölkələrindən 93 təşkilatla ilə toxum mübadiləsi aparır.

Hazırda Bağın beynəlxalq əməkdaşlıqla bağlı fəaliyyəti genişlənməkdədir.